Provozně ekonomická fakulta se dlouhodobě zaměřuje na cílenou podporu vědy a výzkumu akademických pracovníků včetně aktivního zapojení talentovaných studentů do práce na konkrétních výzkumných úkolech na všech stupních studia. Fakulta dlouhodobě spolupracuje se zahraničními institucemi, příkladem lze uvést rakouskou instituci se sídlem ve Vídni Austrian Institute of Economic Research a německou instituci Halle Institute for Economic Research.

Prioritou fakulty je maximální podpora výzkumných aktivit z externích, převážně zahraničních zdrojů, což obnáší vysoké nároky na kvalitu řešených výzkumných témat a dosavadních publikovaných výsledků. Díky cílené strategii podpory řešení kvalitních výzkumných témat je fakulta aktuálně zapojena do řešení projektů financovaných v rámci evropských výzkumných programů jako jsou např. Horizon 2020, COST, 7. rámcový program, Strategická partnerství v rámci programu Erasmus+, Visegrad Fund a další.

Fakulta se pravidelně zapojuje do projektů financovaných domácími grantovými agenturami specializovanými na základní i aplikovaný výzkum reprezentovanými agenturami GAČR, TAČR, NAZV a dalšími. Neméně důležitým aspektem je zapojení se do národních projektů rozvojového charakteru (zejména OP VVV), které podporují rozvoj vědecko-výzkumné činnosti a tvorbu excelentních týmů ve vědě a výzkumu.

Významným strategickým prvkem je institucionální podpora výzkumných aktivit především mladých akademických pracovníků, doktorandů a talentovaných studentů uskutečňovaná v rámci vyhlašovaných programových schémat Interní grantové agentury fakulty.